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瑜伽寺（ゆがじ）は出羽国にあった古代寺院。定額寺。跡地は山形県山形市滝平に推定されている（山辺町埋蔵文化財調査報告書第1集）。（参考：同名寺院瑜伽寺）
『日本三代実録』866年条に登場。 山形県山形市東原町の真言宗地蔵院は瑜伽寺の宝塔院の後身とする伝承がある（『日本歴史地名大系』）。 なお滝平（たきのひら）には創建当初の出羽・宝幢寺もあったとされる。
