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本願寺小樽別院（ほんがんじ・おたる・べついん）は北海道小樽市若松にある浄土真宗寺院。西本願寺の別院。浄土真宗本願寺派。小樽には真宗大谷派の別院は建てられなかった。
1856年(安政3年)、カムイ岬の女性の通行が解禁された時、願乗寺（現本願寺函館別院）の堀川法恵が土地を付与され、1858年(安政5年)ヲタルナイに願乗寺休泊所を設置。新地町（現信香町）にあった。1865年(慶応1年)、本願寺掛所となった。1874年(明治7年)開運町の現在地に移転。1912年(大正1年)本堂竣工。 （日本歴史地名大系）
