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真慈悲寺は東京都日野市百草にあった寺院。本尊は阿弥陀如来。関東祈祷所。
1186年(文治2年)2月3日、源頼朝が「御祈祷霊場」の真慈悲寺に住職を任命し、一切経を納めて伽藍を整備した。1192年(建久3年)5月8日、鎌倉幕府が行った後白河法皇の四十九日法要に真慈悲寺の僧3人が出仕している(吾妻鏡)。