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水薬師寺は京都市下京区西七条石井町にある慈雲ゆかりの真言宗寺院。本尊は薬師如来。真言宗単立。
延喜年間に聖宝がこの地にあった大池から薬師像を引き上げ奉安したのが始まりという。 のち江戸時代の正保年間に京都所司代の板倉勝重が再興。
1795年(寛政7年)、慈雲飲光に帰依した開明門院(桃園天皇生母、1717-1789、姉小路実武の娘)の発願で尼僧坊として水薬師寺を中興。