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石津寺は滋賀県草津市矢橋町にある真言宗寺院。本尊は薬師如来。寛永寺本尊の薬師如来はここから招いた。寛永寺関連旧跡。
最澄が創建。元は天台宗だった。1359年、足利義詮が現在の本堂を再建。1391年の南都西大寺の末寺帳に名前があり、この頃には真言律宗に改宗していたとみられる。1698年(元禄11年)8月、寛永寺根本中堂に本尊が奉遷された。そのため別の薬師如来を祀ったようだ。