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長岡院は、平城京にあった行基ゆかりの古代寺院。廃絶。跡地不詳。『行基年譜』に「菅原寺西岡長岡院を起す」とあり、喜光寺の西にあったとみられる。奈良県奈良市の菅原遺跡という説がある。行基建立四十九院には含めない。