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本願寺岐阜別院は岐阜県岐阜市西野町にある西本願寺の別院。（参考：同名寺院岐阜別院）
准如の岐阜巡教を機に、1602年、地元の門徒が坊舎（御坊？）建立を計画。 翌年、願誓寺明宗が後見役となり、本堂建立。1645年本堂再建。1713年焼失。1720年再建。1945年空襲で焼失。戦後再建。
同寺の歴代住職が「御目代」「留守居役」を世襲したが、 1810年、「宗義を誤った」として解任。輪番制に移行した。 （日本歴史地名大系）
