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本願寺萩別院は山口県萩市西田町にあった浄土真宗寺院。西本願寺の別院。浄土真宗本願寺派。萩・清光寺(唯円寺、興正寺兼帯所)が故あって他所に移転。その跡地に明治13年、萩別院が創建された。萩臨時裁判所が設置された。1980年焼失。別院の格式と機能は新設された本願寺山口別院に移され、萩別院は山口別院萩分院となる。