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根本寺(こんぽんじ)は、新潟県佐渡市にある日蓮宗の本山寺院。日蓮宗久遠寺派の霊跡寺院・本山。日蓮が佐渡法難の際に最初に小堂を建てた旧跡。江戸時代は、久遠寺、池上本門寺、法華経寺の三カ寺による輪番支配だった。