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金輪寺(きんりんじ)は京都府亀岡市宮前町宮川神尾山にある天台[修験]寺院。本尊は薬師如来。明恵旧跡。本山修験宗。山号は神尾山。(参考:同名寺院金輪寺)
延暦年間、西願の創建。中世、明恵が復興。鎌倉時代の石造五重塔がある。1485年(文明17年)の後土御門天皇綸旨写があり、多くの伽藍を擁した。頼三樹三郎や桜井頼直(醍醐寺三宝院所属の修験者)ら勤王志士の遺髪塔・招魂碑がある。(日本歴史地名大系)