| 代
| 名
| 生没年
| 在職年
| 略歴
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| 1
| 高岡隆心
| 1867-1939
| 1924-1934
| 金剛峰寺座主390世。宝寿院門主。1924年(大正13年)3月26日、真言宗高野山大学学長。1926年(昭和1年)4月2日から高野山大学学長。1934年(昭和9年)、座主・管長就任で学長退任。
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| 2
| 和田性海
| 1879-1962
| 1934-1939
| 金剛峰寺座主394世。自坊は淡路千光寺。1934年(昭和9年)高野山大学学長[1]。1939年(昭和14年)12月3日、管長選挙立候補のため学長を辞任。
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| 3
| 藤村密憧
| 1870-1949
| 1939-1940
| 大覚寺門跡50世。金剛峰寺座主392世。自坊は高野山成福院。1870年(明治3年)生[2]。1939年(昭和14年)12月、高野山大学学長に推薦。1940年(昭和15年)5月28日、大学運営に意見する学生大会が開かれ、6月1日、専任学長を置くことを明言して辞意を表明し、6月3日学長を辞任。藤村密幢。
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| 4
| 金山穆紹
| 1876-1958
| 1940-1945
| 金剛峰寺座主396世。1940年(昭和15年)10月、高野山大学学長[3]。1943年(昭和18年)高野山密教研究所初代所長。1945年(昭和20年)11月9日、敗戦にともなう学内刷新のために学長の辞表を提出。
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| 5
| 栂尾祥雲
| 1881-1953
| 1945-1947
| 1945年(昭和20年)11月22日から1947年(昭和22年)7月30日まで高野山大学学長。1946年(昭和21年)高野山密教研究所2代所長。
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| 6
| 上田天瑞
| 1899-1974
| 1947-1951
| 1947年(昭和22年)7月30日から1951年(昭和26年)3月6日まで高野山大学学長。
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| 7
| 中野義照
| 1891-1977
| 1951-
| 1951年(昭和26年)3月13日高野山大学学長に選任。1958年(昭和33年)高野山大学密教文化研究所初代所長。
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| 8
| 加地哲定
| 1890-1972
| 1958-
| 1958年(昭和33年)2月20日高野山大学学長に当選。
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| 9
| 中野義照
| 1891-1977
| 1964-
| 1964年(昭和39年)1月13日、高野山大学学長に再び選出。
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| 10
| 伊藤真城
| ?-1979
| 1970-1973
| 金剛峰寺法印474世。1970年(昭和45年)2月9日、高野山大学学長に当選。1973年(昭和48年)法印就任により辞任。1979年(昭和54年)1月19日死去。76歳。
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| 11
| 中川善教
| 1907-1990
| 1973-
| 金剛峰寺法印476世。1938年(昭和13年)法隆寺勧学院研究科卒業。1973年(昭和48年)高野山大学学長。1977年(昭和52年)高野山大学密教文化研究所2代所長。
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| 12
| 酒井真典
| 1908-1988
| 1979-1983
| 金剛峰寺法印480世。自坊は高野山遍照光院。和歌山県出身。1908年(明治41年)生。宮島大願寺で得度。1919年(大正8年)高野山大学密教学科卒。東北大学法文学部チベット語専攻科に留学。1940年(昭和15年)、外務省対支事業部派遣在支特別研究員として五台山に留学。1948年(昭和23年)高野山大学教授。1979年(昭和54年)寺務検校執行法印。1979年(昭和54年)から1983年(昭和58年)3月15日まで高野山大学学長。1988年(昭和63年)5月8日死去。
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| 13
| 松長有慶
| 1929-2023
| 1983-1987
| 金剛峰寺座主412世。1983年(昭和58年)から1987年(昭和62年)まで高野山大学学長。1984年(昭和59年)高野山大学密教文化研究所3代所長。
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| 14
| 高木訷元
| 1930-
| 1987-1993
| 島根県出身。1930年(昭和5年)生。1958年(昭和33年)東北大学大学院文学研究科（インド学仏教史学専攻）修了。1987年(昭和62年)から1993年(平成5年)まで高野山大学学長。1996年(平成8年)高野山大学密教文化研究所4代所長。
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| 15
| 和多秀乗
| 1928-2020
| 1993-1999
| 自坊は兵庫県西仙寺。1928年(昭和3年)生。1993年(平成5年)4月1日から1999年(平成11年)3月31日まで学長。2020年(令和2年)2月10日死去。
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| 16
| 東智学
| 1935-
| 1999-
| 1935年(昭和10年)生。1961年(昭和36年)東北大学文学部哲学科卒業。1999年(平成11年)4月1日、高野山大学学長。2000年(平成12年)高野山大学密教文化研究所5代所長。
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| 生井智紹
| 1947-
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| 茨城県出身。1947年(昭和22年)生。1970年(昭和45年)高野山大学卒業。1977年(昭和52年)、京都大学大学院博士後期課程（宗教学・仏教学）を単位取得退学。インドのラルバイダルパトバイインド学研究所に留学。1994年(平成6年)高野山大学教授。2002年(平成14年)高野山大学密教文化研究所6代所長。専門は菩提心思想、インド後期大乗の諸理論、華厳思想と密教。
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| 藤村隆淳
| 1944-
| 2007-
| 1944年(昭和19年)生。2007年(平成19年)学長。
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| 藤田光寛
| 1948-
| 2011-2017
| 1948年(昭和23年)生。1972年(昭和47年)東北大学文学部哲学科印度学仏教史学専攻を卒業。1977年(昭和52年)同大学大学院単位取得（退学？）。1994年(平成6年)高野山大学教授。2008年(平成20年)高野山大学密教文化研究所7代所長。2011年(平成23年)4月から2017年(平成29年)3月まで学長。
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| 乾龍仁
| 1952-
| 2017-2021
| 1976年(昭和51年)明治大学政治経済学部政治学科卒業。同年、高野山大学文学部密教学科卒業。1984年(昭和59年)、高野山大学大学院博士後期課程を単位取得退学。1995年(平成7年)高野山大学教授。2017年(平成29年)から2021年(令和3年)まで高野山大学学長。専門は密教学。
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| 添田隆昭
| 1947-
| 2021-2025予定
| 高野山真言宗宗務総長。1972年(昭和47年)京都大学文学部哲学科宗教学専攻卒業。1978年(昭和53年)高野山大学大学院密教学専攻博士課程単位取得退学。2021年(令和3年)4月から2025年(令和7年)3月（予定）まで高野山大学学長。（略歴は高野山真言宗#組織を参照）
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| 松長潤慶
| 1962-
| 2025-2029予定
| 松長有慶の次男。1996年(平成8年)、高野山大大学院博士後期課程修了。2018年(平成30年)高野山大学教授。2021年(令和3年)副学長。2025年(令和7年)4月から2029年(令和11年)3月まで高野山大学学長（予定）。専門は密教学・密教図像学。
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